Prasad, S., Huang, J., Zeng, Q., Brooks, BR., 2018, An explicit-solvent hybrid QM and MM approach for predicting pKa of smallmolecules in SAMPL6 challenge, J Comput Aided Mol Des. 32(10):1191-1201, PMID: 30276503. PubMed

Braun, E., Gilmer, J., Mayes, H., Mobley, D., Monroe, J., Samarjeet, S.P., Zuckerman, D., 2018, Best Practices for Foundations in Molecular Simulations 

König, G., Pickard, FC., Huang, J., Simmonett, AC., Tofoleanu, F., Lee, J., Dral, PO., Prasad, S., Jones, M., Shao, Y., Thiel, W., Brooks, BR., 2016, Calculating distribution coefficients based on multi-scale free energy simulations: an evaluation of MM and QM/MM explicit solvent simulations of water-cyclohexanetransfer in the SAMPL5 challenge, J Comput Aided Mol Des. 2016 Nov;30(11):989-1006. PMID: 27577746 PubMed